Consideraciones para la correcta identificación de CNVs a partir de la secuenciación de exoma

Las CNVs (del inglés, Copy Number Variations) son un tipo de variantes estructurales de tamaño submicroscópico que implican un cambio en el número de copias respecto al genoma de referencia. Aunque son relativamente comunes en la estructura de nuestros genomas, y contribuyen en gran medida a la variabilidad interindividual, también ha sido probada su implicación en un gran número de patologías como autismo, Parkinson, Alzheimer, enfermedades mitocondriales o cáncer, entre otras.

 

Las tecnologías Next-generation Sequencing (NGS) se han convertido en una herramienta clave para la identificación de CNVs, sustituyendo casi por completo a otras como los CGH arrays y MLPAs. Sin embargo, el análisis de los datos procedentes de la secuenciación de exomas presenta limitaciones que deben ser tenidas en cuenta, ya que pueden afectar a la precisión de los resultados:

 

  • Solo permite definir desequilibrios de información genómica, mientras que los reordenamientos que no impliquen una pérdida o ganancia neta, como las inversiones o translocaciones balanceadas, pasarán desapercibidas.
  • No se dispone de la secuencia de todo el genoma, por lo que se ve afectada la detección de alteraciones que incluyen regiones no capturadas.
  • La preparación de la librería y el proceso de captura pueden dar lugar a regiones con distintas coberturas.
  • Las secuencias repetitivas dificultan el mapeo único de las lecturas procedentes de la secuenciación.
  • En muestras procedentes de tumores, la cuantificación del número de copias puede verse comprometida por un bajo porcentaje tumoral y por la propia heterogeneidad intratumoral.

Aunque no existen unos estándares de referencia para el análisis de CNVs, siempre que sea posible se deben seguir una serie de recomendaciones alcanzar unos resultados óptimos:

 

  • Partir de ADN de buena calidad.
  • Cuando se analicen varias muestras de forma conjunta, llevar a cabo la extracción del ADN, la generación de librerías, la secuenciación y el análisis bioinformático con la mayor uniformidad posible.
  • Garantizar una correcta cobertura para aumentar la sensibilidad y especificidad de la detección de las variantes y facilitar su cuantificación.
  • Contar con un set de controles que tengan el mismo origen y se hayan procesado de la misma forma.
  • Asegurar una pureza tumoral superior al 60% en muestras neoplásicas.

La caracterización de CNVs sigue siendo un proceso que entraña una dificultad elevada, por lo que es necesario conocer y tener presentes sus limitaciones. Además, es clave llevar a cabo una correcta validación de aquellas variantes encontradas, especialmente en el entorno clínico. El desarrollo de bases de datos de acceso público tanto en individuos controles como en pacientes, contribuirá en el futuro a dilucidar el verdadero significado de todas las CNVs analizadas.

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