Single cell RNA-Seq
Ofrecemos el análisis bioinformático de datos NGS para células individuales
Estudio de la expresión génica a nivel celular
El análisis Single cell RNA-Seq permite analizar el transcriptoma de cada célula de manera individual y puede revelar procesos biológicos y mecanismos moleculares específicos que podrían no ser detectados mediante técnicas de secuenciación de ARN a nivel poblacional o de tejido.
Nuestro análisis bioinformático incluye:
- Control de calidad de la secuenciación y mapeado.
- Alineamiento de lecturas frente a genoma de referencia.
- Cuantificación de la expresión génica a nivel de célula única.
- Reducción de la dimensionalidad de los datos.
- Clustering o división de las células en distintos grupos y subgrupos.
- Análisis de la expresión génica diferencial.
- Estudio del patrón evolutivo o de maduración celular (Velocity o Análisis de Trayectorias).
- Estudio de enriquecimiento de ontologías génicas y pathways.
Documentación
Podemos llevar a cabo el análisis bioinformático a partir de:
- Illumina: FASTQ
- MGI: FASTQ
Puedes enviarnos tus archivos crudos en un disco duro o compartirlos a través de un FTP. Si tienes cualquier duda contacta con nosotros enviando un email a info@dreamgenics.com o llamando al número de teléfono 985 088 180 y te ayudaremos.
Resultados en Genome One Reports
Los resultados de todos los análisis dan lugar a gráficos interactivos que se pueden explorar en nuestra plataforma Genome One Reports y descargarse en PDF para su uso en publicaciones científicas.
Principal Component Analysis
Gráfico interactivo de las variabilidades explicadas por cada una de las componentes principales calculadas (n=50).
Cell Clustering (2D & 3D)
Gráfico tSNE/UMAP con células agrupadas en diferentes poblaciones y anotadas según el grupo al que pertenecen o por tipo de célula.
Cluster Evaluation
Gráfico que estudia cómo de bien o mal están separados los grupos celulares en el gráfico tSNE/UMAP.
Differentially Expressed Genes
Gráfico interactivo que representa, para cada población o grupo de células, los genes TOP2 expresados diferencialmente.
TOP Differentially Expressed Genes
Violin Plot y Feature Plot interactivos que reflejan en qué cluster o clusters se está expresando un determinado gen mayoritariamente.
RNA Velocity
Gráfico que muestra el patrón de evolución celular en función al tiempo de latencia generado por el algoritmo Velocity.
Trajectory Analysis
Gráfico interactivo que muestra el agrupamiento del Cell Clustering pero con líneas de trayectoria, de modo que marca una evolución temporal basada en cambios en la expresión génica a lo largo de las poblaciones celulares que siguen dicha trayectoria.
TOP 10 Expressed Genes (Up & Down)
Se representan los 10 genes que muestran una mayor expresión creciente o decreciente a lo largo de una línea de trayectoria seleccionada.
Pathways Enrichment (GSEA & GO Terms)
Diagramas interactivos que representan el enriquecimiento y p-valor de las rutas WikiPathways y de los términos GO.
Opciones disponibles
Nos adaptamos a las necesidades de cada cliente a través de dos paquetes de análisis y la posibilidad de realizar un análisis completamente personalizado.
Paquete estándar
- Principal Component Analysis
- Cell Clustering (2D & 3D)
- Cluster Evaluation
- Differentially Expressed Genes
- TOP Differentially Expressed Genes
- RNA Velocity
- Pathways Enrichment (GSEA & GO Terms)
- Resultados en Genome One Reports
Paquete ampliado
- Todo lo incluído en el paquete estándar
- Trajectory Analysis
- Top 10 Expressed Genes (Up & Down)
- Cell Chat
- Resultados en Genome One Reports
