Análisis Transcriptómicos
La importancia de la expresión génica en el estudio de diferentes enfermedades
El desafío de conocer la expresión génica
Los análisis transcriptómicos permiten cuantificar la expresión génica mediante el uso de plataformas NGS. La interpretación de los datos procedentes de la secuenciación del ARN (RNA-Seq) se ha convertido en un servicio cada vez más demandado debido a su sensibilidad y precisión.
Nuestro análisis bioinformático incluye:
- Control de calidad de las secuencias.
- Alineamiento de lecturas frente a secuencias de referencia.
- Cuantificación de la expresión génica de la muestra.
- Análisis de la expresión génica diferencial entre distintas muestras.
- Estudio de enriquecimiento de ontologías génicas y pathways.
- Estudio de isoformas generadas en eventos de splicing alternativo*.
- Identificación de otros RNAs (smallRNAs y ncRNA)*.
*Cuando el diseño experimental y la cobertura lo permitan.
Podemos llevar a cabo el análisis bioinformático a partir de diferentes archivos en función de la tecnología de secuenciación empleada:
- Illumina®: FASTQ
Puedes enviarnos tus archivos crudos en un disco duro o compartirlos a través de un FTP. Si tienes cualquier duda contacta con nosotros enviando un email a info@dreamgenics.com o llamando al número de teléfono 985 088 180 y te ayudaremos.
Resultados en Genome One Reports
Entregamos los resultados de nuestros análisis transcriptómicos a través de nuestra plataforma Genome One Reports. Una plataforma web sencilla e intuitiva que te aportará las siguientes ventajas:
- Tendrás acceso al análisis de calidad de las secuencias obtenidas
- Análisis de correlación de muestras y estudio diferencial de expresión
- Gráficos PCA plot, Adjusted p-value histogram, MA plot, Volcano plot, Heatmap y Correlation heatmap
- Enriquecimiento de rutas y términos Gene Ontologies (WikiPathways, GO-MF, GO-CC y GO-BP)
- Todas las tablas y figuras son fácilmente exportables, listas para ser utilizadas en publicaciones científicas
PCA Plot
Adjusted P-value Histogram
MA Plot
Volcano Plot
Heatmap
Correlation Heatmap
Diferentes opciones en experimentos RNA-Seq
Las librerías utilizadas en un experimento RNA-Seq depende de la muestra de partida y del tipo de ARNs que se quieran estudiar. Contacta con nosotros y te ayudaremos a elegir la mejor opción para tu proyecto.
mRNA-Seq
- Plataforma Illumina® NovaSeq 6000
- Librería Illumina® TruSeq Stranded mRNA
- Análisis de mRNA
- >1ug de RNA con RIN>7
- 30-40 M/muestra
- Mínimo 3 muestras por condición
- Expresión diferencial, ontologías y pathways
- Resultados en Genome One Reports
totalRNA-Seq
- Plataforma Illumina® NovaSeq 6000
- Librería Illumina® TruSeq Stranded Total RNA
- Análisis de mRNA y lncRNA
- >1ug de RNA con RIN>7
- 40-60 M/muestra
- Tratamiento Ribo-Zero Globin*
- Mínimo 3 muestras por condición
- Expresión diferencial, ontologías y pathways
- Resultados en Genome One Reports
*Eliminación de ribosomal RNA y globin mRNA en muestras de sangre.
Análisis Transcriptómicos
La importancia de la expresión génica en el estudio de diferentes enfermedades
El desafío de conocer la expresión génica
Los análisis transcriptómicos permiten cuantificar la expresión génica mediante el uso de plataformas NGS. La interpretación de los datos procedentes de la secuenciación del ARN (RNA-Seq) se ha convertido en un servicio cada vez más demandado debido a su sensibilidad y precisión.
Nuestro análisis bioinformático incluye:
- Control de calidad de las secuencias.
- Alineamiento de lecturas frente a secuencias de referencia.
- Cuantificación de la expresión génica de la muestra.
- Análisis de la expresión génica diferencial entre distintas muestras.
- Estudio de enriquecimiento de ontologías génicas y pathways.
- Estudio de isoformas generadas en eventos de splicing alternativo*.
- Identificación de otros RNAs (smallRNAs y ncRNA)*.
*Cuando el diseño experimental y la cobertura lo permitan.
Resultados en Genome One Reports
Entregamos los resultados de nuestros análisis transcriptómicos a través de nuestra plataforma Genome One Reports. Una plataforma web sencilla e intuitiva que te aportará las siguientes ventajas:
- Tendrás acceso al análisis de calidad de las secuencias obtenidas
- Análisis de correlación de muestras y estudio diferencial de expresión
- Gráficos PCA Plot, Adjusted p-value histogram, MA Plot, Volcano Plot, Heatmap y Correlation heatmap
- Enriquecimiento de rutas y términos Gene Ontologies (WikiPathways, GO-MF, GO-CC y GO-BP)
- Todas las tablas y figuras son fácilmente exportables, listas para ser utilizadas en publicaciones científicas
PCA Plot
Adjusted P-value Histogram
MA Plot
Volcano Plot
Heatmap
Correlation Heatmap
Diferentes opciones en experimentos RNA-Seq
Las librerías utilizadas en un experimento RNA-Seq depende de la muestra de partida y del tipo de ARNs que se quieran estudiar. Contacta con nosotros y te ayudaremos a elegir la mejor opción para tu proyecto.
mRNA-Seq
- Plataforma Illumina® NovaSeq 6000
- Librería Illumina® TruSeq Stranded mRNA
- Análisis de mRNA
- >1ug de RNA con RIN>7
- 30-40 M/muestra
- Mínimo 3 muestras por condición
- Expresión diferencial, ontologías y pathways
- Resultados en Genome One Reports
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- Plataforma Illumina® NovaSeq 6000
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- Análisis de mRNA y lncRNA
- >1ug de RNA con RIN>7
- 40-60 M/muestra
- Tratamiento Ribo-Zero Globin*
- Mínimo 3 muestras por condición
- Expresión diferencial, ontologías y pathways
- Resultados en Genome One Reports
*Eliminación de ribosomal RNA y globin mRNA en muestras de sangre.
Análisis Transcriptómicos
La importancia de la expresión génica
El desafío de conocer la expresión génica
Los análisis transcriptómicos permiten cuantificar la expresión génica mediante el uso de plataformas NGS. La interpretación de los datos procedentes de la secuenciación del ARN (RNA-Seq) se ha convertido en un servicio cada vez más demandado debido a su sensibilidad y precisión.
Nuestro análisis bioinformático incluye:
- Control de calidad de las secuencias.
- Alineamiento de lecturas frente a secuencias de referencia.
- Cuantificación de la expresión génica de la muestra.
- Análisis de la expresión génica diferencial entre distintas muestras.
- Estudio de enriquecimiento de ontologías génicas y pathways.
- Estudio de isoformas generadas en eventos de splicing alternativo*.
- Identificación de otros RNAs (smallRNAs y ncRNA)*.
*Cuando el diseño experimental y la cobertura lo permitan.
Resultados en Genome One Reports
- Tendrás acceso al análisis de calidad de las secuencias obtenidas
- Análisis de correlación de muestras y estudio diferencial de expresión
- Gráficos PCA Plot, Adjusted p-value histogram, MA Plot, Volcano Plot, Heatmap y Correlation heatmap
- Enriquecimiento de rutas y términos Gene Ontologies (WikiPathways, GO-MF, GO-CC y GO-BP)
- Todas las tablas y figuras son fácilmente exportables, listas para ser utilizadas en publicaciones científicas
PCA Plot
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MA Plot
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Diferentes opciones en experimentos RNA-Seq
Las librerías utilizadas en un experimento RNA-Seq depende de la muestra de partida y del tipo de ARNs que se quieran estudiar. Contacta con nosotros y te ayudaremos a elegir la mejor opción para tu proyecto.
mRNA-Seq
- Plataforma Illumina® NovaSeq 6000
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- 30-40 M/muestra
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- Mínimo 3 muestras por condición
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- Resultados en Genome One Reports
*Eliminación de ribosomal RNA y globin mRNA en muestras de sangre.