Spatial Transcriptomics
Ofrecemos el análisis de la actividad transcripcional en secciones de tejido
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Estudio de la expresión génica en cortes histológicos
La técnica Spatial Transcriptomics permite conocer la expresión del mRNA a nivel celular en tejidos conservados estructuralmente, lo que proporciona una disposición topográfica de los patrones de expresión génica mapeados en secciones de tejido para vincular estructura y actividad.
El análisis bioinformático que llevamos a cabo en Dreamgenics incluye:
- Control de calidad de la secuenciación y mapeado.
- Alineamiento de lecturas frente a genoma de referencia.
- Cuantificación de la expresión génica a nivel de célula única.
- Reducción de la dimensionalidad de los datos.
- Clustering o división de las células en distintos grupos y subgrupos.
- Análisis de la expresión génica diferencial, tanto global como espacial.
- Estudio del patrón evolutivo o de maduración celular (Análisis de Trayectorias globales y espaciales).
- Estudio de patrones de comunicación celular (Cell Chat).
- Estudio de enriquecimiento, ontologías génicas y pathways.

Servicios Bioinformáticos
Conoce más información sobre nuestros servicios de análisis de datos NGS descargando el folleto
Resultados en Genome One Reports
Los resultados de todos los análisis dan lugar a gráficos interactivos que se pueden explorar en nuestra plataforma Genome One Reports y descargarse en PDF para su uso en publicaciones científicas.
- Tendrás acceso al análisis de calidad de las secuencias obtenidas
- Tendrás acceso a los resultados del análisis de Cell Ranger
- Gráficos Cell Clustering (Global/Spatial/Annotated), Trajectory Analisis (Global/Spatial) y Cell Chat
- Enriquecimiento de rutas y términos Gene Ontologies (WikiPathways, GO-MF, GO-CC y GO-BP)
- Todas las tablas y figuras son fácilmente exportables, listas para ser utilizadas en publicaciones científicas

Cell Clustering Annotated

Clustering Results GEX

Clustering Results Spatial

Differentially Expressed Genes

Space Feature Plot

Heatmap

Spatial Trajectories

Pseudotime trajectory

Trajectory Analysis

TOP 10 Expressed Genes Down in a trajectory line

TOP 10 Expressed Genes Up in a trajectory line

Cell chat

Heatmap cell chat

Incoming & Outgoing Communication Patterns

Principal Conections Between Cells
Análisis disponibles
Ofrecemos un paquete completo de análisis que entregamos a través de nuestra plataforma web Genome One Reports
Paquete ampliado
- Cell Clustering (2D & 3D)
- Spatial Clustering
- Differentially Expressed Genes
- TOP Differentially Expressed Genes
- TOP Spatial Differentially Expressed Genes
- Spatial Trajectory Analysis
- Trajectory Analysis
- Top 10 Expressed Genes (Up & Down) in a trajectory line
- Inter-cellular Contacts and Communication (CellChat)
- Pathways Enrichment (GSEA & GO Terms)
- Resultados en Genome One Reports
"A diferencia del análisis tradicional de células individuales, la transcriptómica espacial nos permite ir un paso más allá, al revelar la orquestación celular dentro del microentorno complejo del tejido. Esta capacidad de analizar la expresión génica en su contexto espacial nativo no solo facilita la identificación de nuevos biomarcadores, sino que también abre caminos inexplorados para comprender la interacción dinámica entre células y su influencia en la progresión de las enfermedades con las que trabajamos.”

Dra. Elena Sánchez Luis
Investigadora

























